孕期被扣绩效工资申请劳动仲裁的法律依据主要来自《中华人民共和国劳动合同法》。《中华人民共和国劳动合同法》第三十条规定：“用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。”绩效工资属于劳动报酬的一部分，孕期员工的劳动报酬同样受法律保护。在孕期被扣绩效工资的情况下，若公司未按照劳动合同约定和国家规定足额支付，即构成拖欠或未足额支付劳动报酬，符合该法条规定的情形，因此孕期被扣绩效工资的员工有权依据此条法律申请劳动仲裁，维护自己获得足额劳动报酬的权利。
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孕期被扣绩效工资申请劳动仲裁可能会面临一些法律风险点。1.诉讼时效风险：如果孕期被扣绩效工资后，没有在争议发生之日起一年内及时申请劳动仲裁，就可能超过诉讼时效，导致仲裁请求无法得到支持。例如，某孕妇在2023年1月发现绩效工资被扣除，直到2024年2月才申请仲裁，此时已超过一年时效，仲裁委员会可能会驳回其申请。2.证据链风险：如果缺少绩效评估记录或公司关于绩效工资的规定等证据，可能导致无法证明绩效工资应支付。比如，公司以绩效未达标为由扣除绩效工资，但员工无法提供公司明确的绩效标准和自己达标的证据，就难以在仲裁中胜诉。
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孕期被扣绩效工资是可以申请劳动仲裁的。孕期被扣绩效工资，这种情况能申请劳动仲裁。1.如果或若存在公司扣除绩效工资没有合法依据的情况，比如公司未与你协商一致，也没有明确的绩效考核制度规定孕期可以扣除绩效，那么这种扣除行为就可能违反了劳动合同或相关法律规定，你有权申请劳动仲裁。2.如果或若存在劳动合同中明确约定了绩效工资的计算方式和支付条件，而公司未按约定支付，即使是在孕期，只要你符合绩效工资的支付条件，公司扣除绩效工资就属于违约，你可以申请劳动仲裁。
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在处理孕期被扣绩效工资申请劳动仲裁的问题时，存在一些特殊情况或例外情形会影响处理结果。1.公司因经营困难临时调整绩效奖金政策：若公司确实因经营困难，与员工协商一致后临时调整绩效奖金政策，包括在孕期扣减绩效工资，这种情况下公司的行为可能具有一定的合理性，仲裁时会综合考虑公司的实际经营状况和协商情况。2.员工绩效未达标：如果员工在孕期确实未达到公司明确规定的绩效标准，且公司的绩效考核制度合法有效，那么公司依据规定扣除绩效工资可能是合法的，仲裁时会审查绩效未达标的事实和依据。3.公司规章制度不合法：如果公司关于绩效工资扣除的规章制度本身不合法，比如制度未经过民主程序制定或未向员工公示，那么即使员工绩效未达标，公司扣除绩效工资的行为也可能被认定为违法，从而影响仲裁结果。

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