在两个单位任职申报个税时，以下特殊情形会影响处理方式：
1、其中一方为境外单位的情况。若您同时在境内外任职，境外单位支付的工资薪金属于境外所得。依据《个人所得税法》，取得境外所得需自行申报，且计算应纳税额时可扣除境外已缴个税（但扣除额不超过按国内税法计算的应纳税额）。这会增加申报复杂度，需额外准备境外收入证明、纳税凭证等资料，并留意国际税收协定中的饶让条款。

2、两个单位均为非全日制用工的情况。若您与两单位均签订非全日制劳动合同，取得的收入可能被认定为“工资薪金”或“劳务报酬”，需根据实际用工情况判断。若被认定为劳务报酬，支付方将按次预扣预缴（税率20%-40%），汇算清缴时需并入综合所得按3%-45%税率计算，可能导致预缴与应纳税额差异较大，需重点核对收入类型及扣缴方式。

3、全年累计收入不超过6万元的情况。若两单位全年累计支付的工资薪金合计不超过6万元，且已预缴税款，汇算清缴时可申请全额退税。此时虽仍需办理汇算清缴，但操作相对简单，通过个税APP填报基础信息即可完成退税申请，无需额外计算复杂扣除项。
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在两个单位任职申报个税，可能存在以下法律风险：
1、未办理汇算清缴导致补税及滞纳金风险。若您从两单位取得工资薪金，全年累计收入减除各项扣除后仍有应纳税额，却未在规定时间内办理汇算清缴，税务机关会通知补税，逾期将按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金。例如：张某在A、B两单位月收入分别为8000元、6000元，两单位均扣除5000元基本减除费用，全年预缴个税较少，汇算清缴时需补税5000元，若逾期30天未补，将产生75元滞纳金（5000×
0.05%×30）。

2、虚假申报导致的行政处罚风险。若在汇算清缴时隐瞒一处收入或虚增专项附加扣除，经税务机关检查核实，将被认定为偷税。根据《税收征管法》，可处不缴或者少缴税款50%以上5倍以下的罚款。例如：李某隐瞒B单位全年收入10万元，导致少缴个税2万元，税务机关可对其处以1万至10万元罚款。
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关于在两个单位任职申报个税的法律依据，可参考《中华人民共和国个人所得税法》相关规定。
《中华人民共和国个人所得税法》第十条明确规定，非居民个人在中国境内从两处以上取得工资、薪金所得的，纳税人应当依法办理纳税申报。同时，居民个人取得综合所得需要办理汇算清缴的，也应按规定申报。在两个单位任职时，若属于居民个人从两处取得工资薪金，虽日常由各单位分别代扣代缴，但因基本减除费用（5000元/月）可能重复扣除，导致预缴税款与实际应纳税额产生差异，故需在年度终了后通过汇算清缴合并收入、统一计算应纳税额，多退少补。因此，在两个单位任职申报个税需分别预缴并办理汇算清缴，符合上述法律规定。
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在两个单位任职申报个税，需由两单位分别按月预缴，年度终了后办理汇算清缴：
若两单位均发放工资薪金，每个单位应按各自支付的收入额，减除5000元基本减除费用及专项扣除后，为您代扣代缴个税。

若其中一单位发放工资薪金，另一单位发放劳务报酬，工资薪金由任职单位按月预缴；劳务报酬由支付方按次预扣预缴（800元以下免税，800-4000元减除800元，4000元以上减除20%费用后按20%-40%税率预缴）。

若全年综合所得（工资薪金+劳务报酬等）超过12万元且补税金额超过400元，需在次年3月1日至6月30日办理汇算清缴，多退少补。

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